واعتقال رجال الحوزة العلمية من أسرة آل الحكيم عام 1983 م ، وتنفيذ حكم الإعدام بستة عشر منهم ، وذلك لعدم استجابتهم حضور المؤتمر الإسلامي الشعبي عام 1403 ه / 1983 م ، وإعدام أعلام من أسر علمية بعد إخفاق الانتفاضة الشعبانية عام 1991 م من آل بحر العلوم ، وآل الخرسان ، وآل الغريفي ، وآل الصدر ، وآل الجواهري ، وآل السماوي ، وآل شبر ، وآل مشكور ، وآل المبرقع وغيرهم من الأسر العلمية والاجتماعية . 4 - تصفية خطباء المنبر الحسيني في أثناء الحرب العراقية - الإيرانية 1980 - 1988 م ، جسديا ، وإنزال عقوبة السجن ببعضهم . 5 - المعاملة الإنسانية للإمام السيد أبي القاسم الموسوي الخوئي في عام 1991 م ، بعد الانتفاضة الشعبانية من دون مراعاة لمقامه المرجعي الكبير ، وموقعه العلمي المتميز . 6 - تنفيذ الجريمة النكراء بتصفية مراجع الدين وقادة الحوزة العلمية في النجف الأشرف ، وبطرق بعيدة عن الإنسانية ، قوامها الغدر واللؤم فكان المرجع الكبير الشيخ علي الغروي ، والمرجع الكبير الشيخ مرتضى البروجردي والمرجع الكبير السيد محمد محمد صادق الصدر ، شهداء خالدين عند اللّه ، وفي ضمائر الأمة . ومن الثابت في تاريخنا المعاصر أن محنة المدرسة النجفية الواقعة بين عامي 1960 - 2003 م ، أخذت مسارين هما : التصدي والتحدي للسلطة ، من دون لجوء السلطة إلى استخدام القوة العسكرية ، أو اللجوء إلى جريمة التصفيات الجسدية ، وثانيهما : استخدام العنف والإرهاب المفضي إلى الإعدام والسجن والتسفير خارج العراق ومصادرة الأموال ، وإغلاق المؤسسات العلمية والثقافية ، فصارت النجف الأشرف " أم الشهادة